瑞巌寺の社伝によると、平安時代初期の828年(天長5年)、僧侶・慈覚大師(じかくだいし)が天台宗延福寺(てんだいしゅうえんぷくじ)を創建したのが始まりとされています。鎌倉時代中期に入ると、鎌倉幕府第5代執権・北条時頼公の命によって天台宗徒は追放され、寺名を改めた臨済宗円福寺(りんざいしゅうえんぷくじ)が建立されました。
鎌倉から室町時代にかけて寺院は発展し、寺格も五山・十刹に次ぐ諸山から、やがては十刹へ。歴代住持たちの尽力によって勢力を拡大していきます。ところが、戦国時代に入るとその勢力は次第に弱まり、廃寺同然まで衰退しました。
江戸時代初期の1600年(慶長5年)、関ヶ原の戦いを終えた仙台藩初代当主・伊達政宗公が、仙台城の造営と併せて神社仏閣の造営にも尽力します。1604年(慶長9年)、円福寺の復興に着手。諸国から名工130名を集結させ、造営の縄張りは政宗公自ら執行、建材も熊野山中から取り寄せるなど、心血を注いで寺院の復興に尽くします。
丸4年の歳月をかけて、1609年(慶長14年)に桃山時代の真髄を表す建物が完成。寺名も「瑞巌寺」に改められ、見事復興を遂げます。その後も、伊達家からの厚い支援により、瑞巌寺は110余りの末寺(まつじ)を有する領内随一の格式を誇りました。明治維新による廃仏毀釈(はいぶつきしゃく)の流れを受けて寺勢は衰退しましたが、住持太陽東潮の努力によって寺院は持ちこたえ、存続しています。
2016年には「平成の大修理」を終えた本堂が完成し、創建当時の姿が蘇りました。